Aссоциация производителей техники для авиации общего назначения (GAMA) выдвинула три основных возражения против включения гражданской авиации в систему ETS. И эти положения в целом суммируют основные претензии отрасли к данной программе:

• в ситуации с небольшими операторами административное бремя во много раз превышает возможные преимущества для экологических инициатив;
• требование, чтобы операторы оплачивали выбросы, произведенные не только в воздушном пространстве стран — членов ЕС, но и за весь маршрут и обратно, идет вразрез с положениями Чикагской конвенции;
• доходы, полученные от продажи квот, не закреплены за проектами, направленными на компенсацию влияния авиации на окружающую среду. Они направляются в общий фонд стран ЕС без каких-либо разъяснений об их дальнейшем целевом использовании.

Вся эта история начиналась как некие временные экологические меры, направленные на то, чтобы побудить ICAO разработать международные стандарты снижения воздействия авиации на усугубление парникового эффекта. Однако ETS была встречена практически повсеместным протестом как внутри, так и за пределами Евросоюза и потенциально в какой-то момент чуть ли не угрожала развязыванием экономической войны. И все это — всего за первый год ее распространения на гражданскую авиацию.

Хотя система в предложенном виде особенно несправедлива к операторам бизнес-авиации, общественность, главным образом, возмутилась "экстратерриториальным" положением, требующим оплаты выбросов даже за сегменты рейса за пределами ЕС. Операторы, базирующиеся в Европе, также обязаны отчитываться о количестве выбросов, произведенных во время рейсов не на территории ЕС.